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國自然熱點RNA修飾數(shù)據(jù)庫介紹:RMDisease V2.0

欄目:最新研究動態(tài) 發(fā)布時間:2023-10-19
RMDisease v2.0通過整合873819個實驗驗證的修飾位點和總共146396315個遺傳變異,報告了總共1 366252個RM相關(guān)變體......

       高通量測序的進步揭示了基因組中數(shù)百萬個單核苷酸變異(SNV)。同義變異可以通過表觀遺傳調(diào)控影響基本的生物學(xué)功能。迄今為止,已經(jīng)檢測到超過170種不同類型的轉(zhuǎn)錄后RNA修飾(RM),這些修飾發(fā)生在不同類型的RNA上,并調(diào)節(jié)RNA生命的幾乎每個階段。新出現(xiàn)的證據(jù)表明,改變狀態(tài)的失調(diào)與多種人類疾病有關(guān),包括癌癥、神經(jīng)系統(tǒng)疾病。RM也被證明在調(diào)節(jié)tRNA和線粒體RNA的功能中發(fā)揮重要作用。真核和原核tRNA中的2′-O-甲基化(Nm)等共價修飾可以抑制先天免疫反應(yīng)。據(jù)報道,線粒體RM在轉(zhuǎn)移性癌癥中形成代謝可塑性,5-甲基胞嘧啶(m5C)及其衍生物5-甲?;奏ぃ╢5C)在線粒體轉(zhuǎn)錄組上的特定位置可能是轉(zhuǎn)移的潛在治療靶點。


       RMDisease v2.0(http://www.rnamd.org/rmdisease2/)通過整合873819個實驗驗證的修飾位點和總共146396315個遺傳變異,RMDisease v2.0報告了總共1 366252個RM相關(guān)變體。這些變體可能影響16種類型的RM的修飾位點N6甲基腺苷(m6A)、5-甲基胞嘧啶(m5C)、N1甲基腺苷(m1A)、5甲基尿苷(m5U)、假尿苷(Ψ)、N6, 2′-O-二甲基腺苷(m6Am)、N7甲基鳥苷(m7G)、腺苷轉(zhuǎn)肌苷(a-to-I)、N4乙酰胞苷(ac4C)、2-O-甲基化(Am),涉及在20個物種(人類、小鼠、大鼠、斑馬魚、玉米、果蠅、酵母、裂變酵母、擬南芥、水稻、雞、山羊、綿羊、豬、牛、恒河猴、番茄、黑猩猩、綠猴。


       RMDisease v2.0擁有用戶友好的Web界面,使用戶能夠有效地查詢,進行自定義搜索,并從數(shù)據(jù)庫中快速下載所有收集到的RM相關(guān)變體。此外,還又兩個新的實時數(shù)據(jù)分析模塊,并在網(wǎng)絡(luò)界面上展示,即VarFinder和富集分析工具。
查詢
       
RMDisease v2.0 提供了兩種模式來查詢所有收集的 RM 相關(guān)變體。用戶可以通過選擇物種和修飾類型來查詢數(shù)據(jù)庫。查詢結(jié)果還提供了用于可視化全局?jǐn)?shù)據(jù)分布的統(tǒng)計圖。
搜索
       
在RMDisease v2.0中,提供了五種搜索選項:基因,染色體區(qū)域,RS ID,疾病表型和性狀關(guān)聯(lián)。用戶可以通過添加多個過濾器(例如修飾類型、基因類型和功能注釋)來進一步篩選結(jié)果。
疾病和性狀關(guān)聯(lián)
       
RMDisease v2.0 中收集的疾病和性狀關(guān)聯(lián)可以通過兩種方式導(dǎo)出。(i) 用戶可以首先按其修改或感興趣的物種查詢數(shù)據(jù)庫,然后從相應(yīng)的過濾列中單擊“GWAS”、“ClinVar”或“性狀”按鈕。(ii)如果用戶對特定疾病或表型感興趣,可以通過搜索框下的“疾病”和“性狀”選項查詢關(guān)鍵字。查詢將返回有關(guān)特定特征的相關(guān)數(shù)據(jù)的完整列表。
增強的分析工具
       
RMDisease v2.0引入了兩個數(shù)據(jù)分析模塊。(i)富集分析:計算用戶提供的33種TCGA癌癥類型和16種修飾類型的人類變異的統(tǒng)計意義和倍數(shù)富集。(ii)VarFinder:計算用戶上傳的變異列表與16種RNA修飾之間的關(guān)聯(lián)。用戶可以上傳感興趣的變體列表,以評估它們對特定 RM 站點的潛在影響。


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